El componente de Fortalecimiento de la Gobernanza Territorial busca que los actores del Sistema Regional de Ciencia, Tecnología e Innovación tengan una visión compartida de la CTeI en el Cauca, que les permita apropiar y operacionalizar acuerdos estratégicos elaborados y construidos participativamente. Además, que estos actores contribuyan a mejorar la eficiencia y eficacia del sistema que permita la creación condiciones favorables para facilitar el fortalecimiento de la articulación de sus actores y el uso efectivo del conocimiento. 

En el desarrollo de este componente, el proyecto cuenta con un líder fomenta la promoción de la gobernanza territorial de la CTeI en el departamento del Cauca. Cuenta también con el acompañamiento de uno de los codirectores, un encargado de aportar a las redes del desarrollo económico y social. Tres enlaces subregionales y una auxiliar de investigación.